复旦大学生物医学工程研究始于上世纪七十年代，是国内起步最早的单位之一。1972年，方祖祥教授率先开展心脏起搏器的研制；1975年王威琪院士在国际上率先提出采用相互独立的双超声束多普勒效应定量测定血流速度，开创了复旦大学医学超声研究。一系列开创性成果不仅填补国内研究空白，更为后续学科发展奠定坚实基础。本世纪初，复旦大学和上海医科大学强强联合，理、工、医融合发展。历经五十余载深耕厚植，复旦大学生物医学工程学科已跻身国内领先、国际知名学科行列。1996年获准设立生物医学工程硕士点，2000年获准设立生物医学工程一级学科博士授予点；2003年获准建立生物医学工程博士后流动站，建立起了从本科到硕士点、博士点、博士后流动站的完整人才培养体系。

2024年1月，学校成立了生物医药工程与技术创新学院，并启动了第一届生物医学工程（智慧医药与芯片领军人才班）的本科招生工作。经过一年时间的实践运行，课程体系和人才培养方案持续完善和深化，校企、校地合作逐步落地。

2025年1月，学校从国家战略需求出发，进一步高质量建设新工科创新学院，通过整合校内生物医学工程领域相关学科板块内的力量，将“生物医药工程与技术创新学院”更名为“生物医学工程与技术创新学院”，并于2025年4月18日召开了学院高质量建设推进会。学院将围绕国家发展战略目标，面向国际竞争，发挥复旦大学生物、医学和材料等优势学科特点，优化学科结构，融合学科方向，做强人才培养，培育打造有国际重要影响力的创新团队，促进生物医学工程科技成果转化、区域资源链接、科技产业孵化，形成教育和产业良性互动的发展格局，建成全球领先的生物医学工程科创、研发和顶尖人才培养创新机构。

站在历史的新起点，学院秉持服务国家战略、推动学科发展的使命，致力于成为全球生物医学工程领域的创新高地、研发先锋和顶尖人才培养的摇篮，为推动健康中国建设、提升人类健康福祉贡献卓越力量。